برخي از کرامات ايشان:

در ص 325 کيمياي معرفت به نقل از آيت الله بهاءالديني آورده است که روزي عده اي از علماء در فيضيه نشسته بودند. حاج ميرزا جعفر مجتهدي تبريزي هم آمد و نشست. چند دقيقه بعد ناگهان چهره حاج ميرزا جعفر مجتهدي تبريزي دگرگون شد ودر آن حال مرتب مي گفت: وور، وور (بزن، بزن) کسي نمي دانست که او چه مي گويد و در چه حالتي است ولي معلوم بود که با کسي حرف مي زند و به او دستور مي دهد. حالت منقلب او ادامه پيدا کرد و در آخر گفت: دنن يا علي، وور (بگو يا علي، بزن) همه تعجب مي کردند. پس از چند لحظه به حالت عادي برگشت. پرسيدند: چه اتفاقي افتاد و با چه کسي گفتگو مي کرديد؟ گفت: کسي در آمريکا مي خواست جان اف کندي را بکشد ولي دستانش مي لرزيد و مي ترسيد بزند. من دوبار به او گفتم: بزن بزن ولي او باز هم مي ترسيد. من بار سوم گفتم: بگو يا علي، بزن او هم يا علي گفت و زد و رئيس جمهور آمريکا را کشت. علماي حاضر گفتند: آقا اين چه حرفي است. اينجا فيضيه است، آنجا آمريکا. فيضيه کجا، آمريکا کجا. حاج ميرزا جعفر مجتهدي تبريزي گفت: بله آقا جان کندي به قتل رسيد. شما راديو را باز کنيد تا خبر قتل او را بشنويد. پس از دقايقي خبر قتل کندي از راديو پخش شد و تاکنون راز قتل کندي فاش نشده است.

در ص 329 آورده است که روزي حاج ميرزا جعفر مجتهدي تبريزي سوار قطار شد تا به مشهد برود. در سبزوار از قطار پياده شد و به مدرسه اي در سبزوار رفت و به مدير مدرسه گفت: همه بچه ها را هر چه زودتر به حياط مدرسه بياور تا برايشان سخنراني کنم. مدير مدرسه گفت: شما چه کسي هستيد و از طرف چه کسي آمده ايد؟ حاج ميرزا جعفر مجتهدي تبريزي گفت: اين حرفها را کنار بگذار و بچه ها را بيرون بياور. مدير گفت: الان همه بچه ها در کلاس ها هستند ودرس مي خوانند. حاج ميرزا جعفر مجتهدي تبريزي آن قدر اصرار کرد که مدير مدرسه راضي شد زنگ مدرسه را زد و همه بچه ها و معلم ها بيرون آمدند وقتي همه در حياط جمع شدند و حاج ميرزا جعفر مجتهدي تبريزي «بسم الله» را گفت، ساختمان فرو ريخت و پس از فرو ريختن ساختمان حاج ميرزا جعفر مجتهدي تبريزي گفت: «والسلام عليکم و رحمه الله» و رفت و به اين ترتيب جان چهارصد نفر کودک و معلم ها را نجات داد.
منبع:وب تورا من چشم در راهم